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Bitte beziehen Sie sich beim Zitieren dieses Dokumentes immer auf folgende
URN: urn:nbn:de:kobv:517-opus-45085
URL: http://opus.kobv.de/ubp/volltexte/2010/4508/


Szarzynska, Bogna ; Sobkowiak, Lukasz ; Pant, Bikram Datt ; Balazadeh, Salma ; Scheible, Wolf-Rüdiger ; Müller-Röber, Bernd ; Jarmolowski, Artur ; Szweykowska-Kulinska, Zofia

Gene structures and processing of Arabidopsis thaliana HYL1-dependent pri-miRNAs

pdf-Format:
Dokument 1.pdf (9.347 KB) (SHA-1:ac4e7bf5042019f813112e2e0430528a50e02a89)


Kurzfassung auf Englisch

Arabidopsis thaliana HYL1 is a nuclear doublestranded RNA-binding protein involved in the maturation of pri-miRNAs. A quantitative real-time PCR platform for parallel quantification of 176 primiRNAs was used to reveal strong accumulation of 57 miRNA precursors in the hyl1 mutant that completely lacks HYL1 protein. This approach enabled us for the first time to pinpoint particular members of MIRNA family genes that require HYL1 activity for efficient maturation of their precursors. Moreover, the accumulation of miRNA precursors in the hyl1 mutant gave us the opportunity to carry out 3’ and 5’ RACE experiments which revealed that some of these precursors are of unexpected length. The alignment of HYL1- dependent miRNA precursors to A. thaliana genomic sequences indicated the presence of introns in 12 out of 20 genes studied. Some of the characterized intron-containing pri-miRNAs undergo alternative splicing such as exon skipping or usage of alternative 5’ splice sites suggesting that this process plays a role in the regulation of miRNA biogenesis. In the hyl1 mutant intron-containing pri-miRNAs accumulate alongside spliced primiRNAs suggesting the recruitment of HYL1 into the miRNA precursor maturation pathway before their splicing occurs.

Freie Schlagwörter (englisch): Binding-protein hyl1 , Abscisic-acid , Flowering time , Micro-RNA , Serrate
Institut: Institut für Biochemie und Biologie
DDC-Sachgruppe: Biowissenschaften, Biologie
Dokumentart: c Postprint
Schriftenreihe: Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe, ISSN 1866-8372
Band Nummer: paper 138
Quelle: Nucleic acids research 37 (2009), 9, S. 3083 - 3093, DOI: 10.1093/nar/gkp189
Sprache: Englisch
Erstellungsjahr: 2009
Publikationsdatum: 19.07.2010
Bemerkung:
The article was originally published by Oxford University Press:
Nucleic Acids Research. - 37 (2009), 9, S. 3083-3093
ISSN 0305-1048
DOI 10.1093/nar/gkp189
Lizenz: Dieses Werk ist unter einer Creative Commons-Lizenz lizenziert.
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